[reinvent 2024] 확장 가능한 신약 개발 애플리케이션의 구축

Summary

AWS HealthOmics, NVIDIA BioNeMo, 및 Jupyter를 활용하여 신약 개발 워크플로우를 설계, 시각화, 확장하는 방법을 배웠습니다. 이 워크숍에서는 Amazon SageMaker 등 다양한 도구를 사용해 대규모 데이터 예측 처리를 실행합니다.


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Tech Blog

AWS re:Invent 2024 Tech Blog written by MegazoneCloud

Overview

  • Title: Building scalable drug discovery applications
  • Date: 2024년 12월 2일(월)
  • Venue: Wynn | Convention Promenade | Margaux 2
  • Speaker: Brian Loyal(Principal AI/ML Solutions Architect – HCLS, Amazon Web Services)
  • Shaun Qualheim(Sr. Manager, Solutions Architecture, Amazon Web Services)
  • Industry: Healthcare & Life Sciences

들어가며

이 세션은 AI와 AWS를 활용한 신약 개발의 혁신적인 접근법에 대해 다루었습니다. 신약 개발은 수십 년의 시간과 막대한 비용이 소요되는 과정으로 알려져 있습니다. AWS는 이러한 프로세스를 가속화하고 효율성을 극대화하기 위한 AI 기반 워크플로우와 스케일러블 인프라를 제공합니다.

이번 세션의 주목할 내용으로는 다음과 같습니다.

  • AI를 활용한 항체 개발 과정
  • Amazon SageMaker를 활용한 신약 개발 워크플로우
  • AWS의 오픈 소스 도구와 확장 가능성

이 세션을 통해 신약 개발 프로세스에 AI와 클라우드 기술이 어떻게 기여하는지 살펴보겠습니다.

신약 개발에서 항체의 역할

항체는 우리 몸의 면역 시스템이 특정 병원체를 공격하기 위해 생성하는 단백질입니다. 이는 암세포나 독소와 같은 특정 표적에 매우 정밀하게 반응하며, 질병 치료의 중요한 도구로 사용됩니다.

이번 세션에서는 항체가 면역요법에서 어떻게 활용되는지 설명하며, 특히 Keytruda와 같은 면역요법 약물이 암 치료에 큰 효과를 보였다는 사례를 공유했습니다. 항체 설계는 과거에는 주로 실험적 접근에 의존했지만, 최근 AI를 활용해 항체의 구조를 예측하고 최적화하는 방향으로 발전하고 있습니다. 이를 통해 신약 개발의 속도를 높이고 비용을 절감할 수 있습니다.

AI 기반 항체 최적화

항체 설계의 핵심은 리드 최적화(Lead Optimization) 과정으로, 항체가 표적과 더 강하게 결합하면서도 안정성을 유지하도록 조정하는 것입니다. AI 모델은 수천 가지의 변형체를 생성하고, 각 변형체의 결합 친화성과 특이성을 예측해 가장 유망한 후보를 선택합니다.

이 과정에서 Amazon SageMaker는 데이터를 정규화하고 모델을 학습시키는 데 사용됩니다. 또한, 실험실 데이터를 활용해 모델을 미세 조정(Fine-tuning)하여 예측의 정확도를 높입니다. 이를 통해 항체의 안정성과 제조 가능성을 고려한 최적화된 후보군을 신속히 도출할 수 있습니다.

AI와 실험의 조화

AI는 실험실 테스트를 완전히 대체하지는 않지만, 실험의 범위를 줄이고 효율성을 높이는 데 중요한 역할을 합니다. AI 모델은 후보 물질을 사전에 평가하고, 실험실에서 테스트할 물질의 수를 줄여 시간과 비용을 절감합니다.

AWS의 AI 기반 워크플로우는 실험 데이터를 활용해 모델의 예측력을 개선합니다. 예를 들어, 특정 항체의 결합 친화성을 실험 결과와 비교해 모델을 보정 함으로써 예측 정확도를 향상시킬 수 있습니다. 이는 실험 자원의 낭비를 줄이고, 중요한 연구 자원과 시간을 다른 영역에 할당할 수 있게 합니다.

Amazon SageMaker를 활용한 워크플로우

Amazon SageMaker는 신약 개발을 위한 머신러닝 모델 구축, 훈련, 배포를 한곳에서 수행할 수 있는 플랫폼입니다. JupyterLab 인터페이스를 활용해 연구자는 코드 작성, 데이터 처리, 모델 훈련을 간편하게 실행할 수 있습니다.

특히 GPU 최적화 인스턴스를 활용해 대규모 데이터 처리와 복잡한 모델 학습 작업을 빠르게 수행할 수 있습니다. 세션에서는 SageMaker Studio를 통해 항체 변형체 생성, 특성 예측, 최적화 과정을 단계적으로 진행하는 데모를 소개했습니다. 이 접근법은 모델 학습과 실험 과정을 긴밀히 연결하여 효율성을 극대화합니다.

오픈 소스와 확장 가능성

AWS는 오픈 소스 기반의 신약 개발 도구를 지원하며, 연구자가 이 도구를 활용해 워크플로우를 확장할 수 있도록 돕습니다. 예를 들어, Nextflow와 Docker를 활용해 대규모 데이터 분석을 수행하거나, 수백만 개의 항체 변형체를 테스트할 수 있습니다.

세션에서는 AWS GitHub 레포지토리를 통해 제공되는 오픈 소스 예제를 소개했습니다. 이를 활용하면 AWS의 클라우드 인프라를 기반으로 대규모 병렬 작업을 수행하고, 신약 개발의 효율성을 높일 수 있습니다.

AI를 활용한 신약 설계 혁신

AlphaFold와 같은 AI 모델은 단백질 구조를 예측하고, 이를 바탕으로 신약 후보 물질을 설계하는 데 큰 혁신을 가져왔습니다. 단백질 구조를 정확히 이해하면 약물이 표적에 어떻게 결합하는지를 예측할 수 있어, 효율적인 항체 설계가 가능합니다.

AWS는 이러한 AI 모델을 SageMaker에 통합해 연구자가 쉽게 활용할 수 있도록 지원합니다. 이를 통해 단백질 구조 예측뿐만 아니라, 결합 친화성과 안정성 같은 중요한 속성을 함께 고려한 설계를 할 수 있습니다.

스케일러블 신약 개발 워크플로우

AWS HealthOmics는 대규모 신약 개발 워크플로우를 지원하는 서비스로, 병렬 처리와 데이터 관리에 최적화되어 있습니다. 연구자는 이 플랫폼을 통해 수백만 개의 항체 후보 물질을 동시에 테스트하고 분석할 수 있습니다.

세션에서는 HealthOmics를 활용한 확장 가능한 신약 개발 사례를 소개하며, 연구자가 AWS의 클라우드 인프라를 통해 효율적이고 확장 가능한 워크플로우를 구축할 수 있음을 강조했습니다.

AI와 신약 개발의 미래

AI와 클라우드 기술의 결합은 신약 개발의 혁신을 가속화하고 있습니다. AWS는 이러한 기술을 활용해 지속 가능한 신약 개발 생태계를 구축하고, 더 많은 환자에게 효과적인 치료법을 제공하는 데 기여하고 있습니다.

세션에서는 미래 신약 개발의 비전을 공유하며, AI와 클라우드 기술이 기여할 수 있는 무궁무진한 가능성을 보여주었습니다.

결론

이번 세션에서는 AI와 AWS를 활용한 신약 개발 과정의 혁신을 살펴보았습니다. 특히 항체 설계와 리드 최적화, Amazon SageMaker를 활용한 워크플로우, 오픈 소스 도구의 활용 방안을 상세히 다루었습니다.
신약 개발의 속도를 높이고 비용을 절감하기 위해 AI와 클라우드 기술이 얼마나 중요한 역할을 하는지 알 수 있었습니다. 또한 AWS의 스케일러블 플랫폼이 신약 개발 워크플로우에 제공하는 확장성과 유연성이 매우 인상에 남았습니다.
이번 세션은 AI와 클라우드 기술이 신약 개발 분야에서 어떻게 활용될 수 있는지를 구체적으로 보여준 좋은 사례였습니다. 특히 AWS의 도구와 서비스를 통해 연구자들이 더 나은 치료법을 개발할 수 있는 가능성을 확인할 수 있었습니다. Amazon SageMaker와 HealthOmics를 활용한 스케일러블 신약 개발 워크플로우는 현장에서 조금만 손을 보면 바로 사용할 수 있을 것 같았습니다.
글 │메가존클라우드, Cloud Technology Center (CTC), Global PreSales Engineer Team, 이용진
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